1. קוצצים גס את הבצל, הפלפל ועגבניה אחת. את שאר העגבניות מרסקים במעבד מזון או בעזרת פומפייה.
2. מחממים מעט שמן זית במחבת ומטגנים את הבצל והפלפל. כשהם מתחילים להשחים, מוסיפים את העגבניה הקצוצה. מטגנים עוד קצת, מוסיפים את רסק העגבניות ואת העגבניות המרוסקות ומערבבים. מתבלים במלח, פלפל שחור, כמון ופפריקה מתוקה. מערבבים ומבשלים.
3. בינתיים מכינים את הכופתאות: מגררים את הקישוא בפומפייה גסה. מוסיפים את קמח החומוס, פירורי הלחם והתבלינים, מערבבים היטב ולשים מעט בעזרת הידיים.
4. כאשר תבשיל השקשוקה מוכן ומבעבע, יוצרים מהעיסה כופתאות עגולות, משטחים אותן מעט (כמו קציצה) ומוסיפים למחבת.  דוחפים אותן בעדינות לתוך הרוטב, מכסים ומבשלים על להבה קטנה בערך 20 דקות.
5. מפזרים מעט עלים (פטרוזיליה, כוסברה או רשד) ומגישים עם לחם טרי. בתיאבון.